Examensarbete inom Bioinformatik, 30hp
Enheten för MS-forskning vid Karolinska Institutet
Gruppen, ledd av professor Jan Hillert, jobbar med att klarlägga vilka faktorer som bidrar till uppkomst och förlopp av multipel skleros (MS). MS är en sjukdom som drabbar det centrala nervsystemet (hjärna och ryggmärg) och som beror till viss del på genetiska faktorer. Trots att de genetiska faktorer som hittills knutits till MS endast medför en begränsad risk är deras identifiering viktig då det ger oss en fingervisning om sjukdomsmekanismerna och därmed ger oss möjlighet att utveckla behandlings- och diagnostikmetoder. Inom gruppen jobbar vi både med att förstå associerade faktorers roll i sjukdomsmekanismen och med att hitta ytterligare gener som kan vara inblandade i processen som leder till sjukdom eller påverkar sjukdomsförloppet. Tack vare att många av våra patienter och blodgivare bidragit med blodprov har vi en stor biobank som grund för våra projekt. De flesta av våra studier bygger på prover från över 2000 personer.
Bakgrund
Det finns en enorm mängd data, viktiga för genetisk forskning, i diverse databaser varav de flesta tillgängliga över Internet . Manuell identifiering och åtkomst av denna information är tidskrävande och ett datorprogram som samlar relevant information och kompilerar dessa till ett lämpligt format för vidare bearbetning i Microsoft Office program eller mjukvaran R (www.r-project.org) skulle öka arbetseffektiviteten. Under hösten 2009 kommer vår grupp att samla våra data i en databas från BC/computing. Vi önskar undersöka om det finns en möjlighet att koppla ihop den databasen med information från databaser tillgängliga på Internet.
Mål
- Att skriva ett program som samlar information från webbaserade databaser och kompilerar dessa till en format lämpligt för vidare bearbetning i Microsoft Office program och/eller R.
- Att undersöka möjligheten att koppla ihop data från BC/computing databasen med data från webbaserade databaser.
Lämpliga kvalifikationer
Studier inom Datavetenskap, databaskunskaper, biologikunskaper ej nödvändiga men meriterande.
Tidsplan
Examensarbete motsvarande 30 hp med start våren 2010
Kontaktperson
Izaura Lima, Med.Dr.
Karolinska Institutet
tel: 08-517 761 66, 070-576 19 64
e-mail: [email protected]
besökadress: CMM L8:00, Karolinska Universitetssjukhuset Solna